Comienza la temporada en el banquillo Juan Martínez "Casuco", que jugó varias temporadas en el Real Zaragoza de los 80, pero una goleada ante el Levante (5-1) hace que la directiva le remplace por Emilio Cruz, que ya entrenó al club en la 90-91 y la 91-92 ascendiendo al club a 3ª, hasta final de temporada
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| 1ª jornada TOLEDO 4-ÉCIJA 0 |
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| 2ª jornada OSASUNA 0-TOLEDO 1 |
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| CLASIFICACIÓN 2ª jornada con el TOLEDO LÍDER DE 2ª por primer vez en su historia |
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| 3ª jornada TOLEDO 2-BARCELONA B 2 |
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| 4ª jornada UD SALAMANCA 3-TOLEDO 1 |
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| 5ª jornada TOLEDO 1-VILLARREAL 2 |
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| 6ª jornada AT.MADRID B 3-TOLEDO 2 |
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| 7ª jornada TOLEDO 0-BADAJOZ 1 |
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| 8ª jornada MALLORCA 4-TOLEDO 0 |
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| 9ª jornada TOLEDO 1-ALAVÉS 1 |
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| 10ª jornada LEVANTE 5-TOLEDO 1 |
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| 11ª jornada TOLEDO 0-EIBAR 0 |
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| 12ª jornada LLEIDA 1-TOLEDO 1 |
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| 13ª jornada REAL MADRID B 0-TOLEDO 1 |
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| 14ª jornada TOLEDO 1-UD ALMERÍA 1 |
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| 15ª jornada LEGANÉS 0-TOLEDO 0 |
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| 16ª jornada TOLEDO 1-CP MÉRIDA 0 |
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| 17ª jornada ALBACETE 2-TOLEDO 1 (aplazado en su día ) |
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| 18ª jornada TOLEDO 2-ORENSE 0 |
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| 19ª jornada LAS PALMAS 1-TOLEDO 2 |
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| 20ª jornada ÉCIJA 1-TOLEDO 1 |
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| 21ª jornada TOLEDO 1-OSASUNA 0 |
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| 22ª jornada BARCELONA B 1-TOLEDO 1 |
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| 23ª jornada TOLEDO 0-UD SALAMANCA 2 |
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| 24ª jornada VILLARREAL 3-TOLEDO 1 |
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| 25ª jornada TOLEDO 2-AT.MADRID B 0 |
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| 26ª jornada BADAJOZ 2-TOLEDO 1 |
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| 27ª jornada TOLEDO 0-MALLORCA 0 |
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| 28ª jornada ALAVÉS 1-TOLEDO 0 |
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| 29ª jornada TOLEDO 1-LEVANTE 0 |
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| 30ª jornada EIBAR 1-TOLEDO 0 |
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| 31ª jornada TOLEDO 3-LLEIDA 2 |
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| 32ª jornada TOLEDO 2-REAL MADRID B 0 |
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| 33ª jornada UD ALMERÍA 2-TOLEDO 0 |
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| 34ª jornada TOLEDO 0-LEGANÉS 1 |
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| 35ª jornada CP MÉRIDA 3-TOLEDO 1 |
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| 36ª jornada TOLEDO 0-ALBACETE 4 |
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| 37ª jornada ORENSE 0-TOLEDO 1 |
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| 38ª jornada TOLEDO 0-LAS PALMAS 3 |
